La clínica observada en la cistoisosporosis en cerdos varía considerablemente en función de la edad de los lechones, viéndose la mayor severidad en los cuadros que se dan entre los 5 y los 10 días de vida, aislándose en lechones ya desde los 3-4 días de vida.
La multiplicación de C. suis ocasiona la destrucción de los enterocitos, derivando esta erosión del epitelio en una pérdida de la capacidad de absorción de nutrientes y de agua, desencadenando un cuadro de malabsorción caracterizado por diarrea, deshidratación y pérdida de electrolitos.
Esto contribuye a la proliferación de otros patógenos que aprovechan el exceso de nutrientes que hay en la luz intestinal, pudiendo ligarse a infecciones secundarias.
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