Durante mucho tiempo se creyó que el tracto gastrointestinal de los animales era estéril antes del parto, y su colonización con microorganismos comenzaba durante el nacimiento a partir del contacto con la madre (contacto vertical con la microbiota vaginal, la piel y las heces de la madre), así como de otros individuos y del entorno (horizontalmente).
Sin embargo, estudios recientes, tanto en seres humanos como en animales, sugieren que también se pueden encontrar microorganismos en el feto, la placenta, el líquido amniótico o el útero, lo que indica que la colonización microbiana comienza mucho antes del parto.
En general, el tracto gastrointestinal de los animales, incluidos los cerdos, está formado principalmente por bacterias comensales y bacterias de transición (incluidos los patógenos) que interactúan entre sí.
Entre los microorganismos que habitan en el tracto gastrointestinal se encuentran las denominadas bacterias naturales, que colonizan el organismo de forma permanente, y otras, que sólo pueden observarse temporalmente.
La diversidad de especies bacterianas y su abundancia aumentan con la edad de los animales. Inicialmente, el sistema digestivo de los lechones es colonizado por bacterias aeróbicas o anaeróbicas facultativas. Esta colonización está relacionada con el calostro y luego con la leche, que contiene principalmente bacterias lácticas, como los Lactobacilos y las Bifidobacterias.
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