Se han detectado genes que tienen efecto directo sobre los atributos de la carne. Muchos de estos genes pueden convertirse en herramientas útiles si son considerados como marcadores moleculares.
El gen de Halontano (Halo Ryr1) ubicado en el cromosoma 6 porcino, codifica para el receptor de liberación de calcio en el musculo esquelético. La mutación no sinónima C1843T produce carnes PSE (pálidas, blandas y exudativas) consideradas de menor calidad y de menor valor para procesos industriales.
La mayor parte de los músculos post-rigor contienen aproximadamente un 70 % agua, dependiendo primeramente del contenido lipídico y de la madurez fisiológica del músculo. La CRA, es la capacidad que tiene la carne de retener el agua cuando es sometida a fuerzas externas, excepto a la gravedad. La CRA es causada en primer lugar por la inmovilización de agua de los tejidos en el sistema miofibrilar.
El agua más fácil de extraer es el agua extracelular, la que origina la merma por goteo, mediciones de esta agua liberada son usadas como indicador de las propiedades de ligar el agua de las proteínas.
La CRA y merma por goteo son moderadamente heredables y están correlacionados negativamente una con la otra.
El valor del pH es otro buen indicador de la calidad de carne porcina. El pH medido a las 24 horas luego del sacrificio está asociado con la merma por cocción y la dureza en carnes cocidas, mientras que los valores de pH a los 45 minutos están asociados con el color: altos valores de pH están relacionados con un bajo valor de la luminosidad de color (*L)
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