De forma general, asumimos que la vacunación parenteral es capaz de inducir altos niveles de respuesta inmunitaria sistémica y pobre en mucosas, mientras la vacunación de mucosas consigue establecer tanto respuestas locales como sistémicas muy potentes.
Hoy sigue existiendo controversia a este nivel, aunque existen numerosos estudios en la bibliografía científica que demuestran la existencia de una respuesta humoral y celular a posteriori de la administración de una vacuna parenteral, como puede ser una intramuscular o intradérmica, suficientes para prevenir, quizás no la infección, pero sí la enfermedad.