Análisis filogenético de cepas del virus hepatitis E de cerdos gordos en Colombia

Método

Con el objetivo de identificar el genotipo HEV circulante en porcinos , hígado animal y heces, se recolectaron muestras de cinco mataderos de ganado porcino ubicados en seis subregiones diferentes de Antioquia. Una RT-PCR anidada(nRT-PCR) se utilizó para amplificar el HEV ORF-1 (170 pb) y ORF-2 (348 y 958 pb).

Se secuenciaron los amplicones producidos en este estudio y se realizó un análisis de filogenia molecular basado en el método de máxima verosimilitud , incluyendo secuencias de HEV reportadas en varios países.

Resultados

El análisis de filogenia reveló que los fragmentos de amplificación de HEV de los cerdos de Antioquia se agruparon en tres clados dentro del subgenotipo 3a sin una estructura geográfica específica, y también estaban genéticamente relacionados con secuencias de HEV japonesas y americanas.

Este análisis proporciona el primer acercamiento a la diversidad genética y dinámica de circulación de HEV en rebaños colombianos.

Conclusiones

1. Análisis de filogenia de HEV basado en el método de máxima verosimilitud

2. Este análisis proporciona el primer enfoque sobre la diversidad genética y la dinámica de circulación de las cepas de HEV colombianas.

3. El análisis de filogenia reveló que los fragmentos de HEV de los cerdos de Antioquia se agruparon en tres clados dentro del subgenotipo 3a.

Autores:

Jorge E. Forero

Cristian Gutiérrez Vergara

Jaime Parra Suescún

Guillermo Correa

Berardo Rodríguez

Lina A. Gutiérrez

Francisco J. Díaz

Albeiro López-Herrera

Fuente: https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1567134817300060?via%3Dihub