El análisis genómico del virus de la peste porcina africana (PPA) es una herramienta clave para comprender el origen, la evolución y la diseminación de esta enfermedad, considerada uno de los mayores retos sanitarios para la producción porcina a nivel mundial.
Sin embargo, la complejidad del genoma del virus y la necesidad de conocimientos avanzados en bioinformática han supuesto tradicionalmente una barrera para muchos laboratorios de diagnóstico.
El estudio, realizado por investigadores del Centro de Investigación en Sanidad Animal (CISA), perteneciente al Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA) y al Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), presenta PePApipe como una solución integral que automatiza todas las etapas necesarias, desde los datos brutos de secuenciación hasta la obtención de la secuencia consenso y la detección de variantes.
PePApipe combina trece herramientas bioinformáticas consolidadas en un único flujo de trabajo automatizado, programado en Python y ejecutable mediante scripts en entorno Linux.
El pipeline ha sido optimizado teniendo en cuenta las particularidades del genoma del virus de la PPA, caracterizado por su gran tamaño, su complejidad estructural y la elevada variabilidad en regiones terminales.
Para el ensamblaje de novo se ha priorizado el uso de Unicycler, complementado con herramientas como RagTag y MeDuSa, lo que permite obtener secuencias más completas y fiables sin introducir sesgos derivados del uso directo de genomas de referencia.
En cuanto al análisis de variantes, los autores optan por VarScan 2 tras comparar distintos enfoques bayesianos y no bayesianos, al considerar que ofrece resultados más coherentes con la variabilidad esperable en este virus.
PePApipe resulta especialmente eficaz cuando se combina con estrategias de enriquecimiento viral previas a la secuenciación, ya que una elevada proporción de ADN no viral puede comprometer la calidad del análisis.
| Aunque PePApipe ha sido desarrollado específicamente para el virus de la PPA, su diseño modular facilita su adaptación a otros virus, lo que amplía su interés en el ámbito de la vigilancia genómica y la investigación en enfermedades infecciosas. Para los veterinarios de porcino y los laboratorios de diagnóstico, esta herramienta supone un avance relevante hacia una integración más ágil de la genómica en la respuesta frente a brotes y en la comprensión epidemiológica de la PPA. |
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