El diagnóstico de enfermedades infecciosas tiene como principal objetivo identificar el agente o los agentes causantes para poder aplicar el tratamiento más eficaz, así como establecer las medidas de prevención adecuadas.
Para tal fin, existen diversas técnicas o metodologías que permiten determinar la presencia del agente patógeno de forma directa (por cultivo microbiológico o por técnicas moleculares) o indirecta (detección de anticuerpos mediante técnicas serológicas). Además, en muchas ocasiones no siempre es suficiente con identificar la especie que está causando el problema sino llegar a su caracterización a nivel de subespecie.