Secuenciación del genoma completo del PRRSV a partir de muestras clínicas de campo

El Virus del Síndrome Respiratorio y Reproductivo Porcino (PRRSV) es una preocupación económica importante en todo el mundo. Actualmente, hay grandes conjuntos de datos disponibles sobre el gen ORF5 del virus, con miles de secuencias disponibles, pero actualmente hay pocos datos disponibles sobre el genoma completo del PRRSV.

El Virus del Síndrome Respiratorio y Reproductivo Porcino (PRRSV) es una preocupación económica importante en todo el mundo. Actualmente, hay grandes conjuntos de datos disponibles sobre el gen ORF5 del virus, con miles de secuencias disponibles, pero actualmente hay pocos datos disponibles sobre el genoma completo del PRRSV.

Presumimos que la Secuenciación del Genoma Completo del genoma del Virus del Síndrome Respiratorio y Reproductivo Porcino permitiría un mejor seguimiento epidemiológico que la secuenciación del gen ORF5. Se utilizaron muestras clínicas de suero, líquido oral y tejido con PCR-PRRSV positivas enviadas al laboratorio de diagnóstico para la vigilancia de rutina o el diagnóstico de la infección por Virus del Síndrome Respiratorio y Reproductivo Porcino en Québec, Canadá, se utilizaron piaras de cerdos.

Los valores de Cq de PCR cuantitativa con transcripción inversa de Virus del Síndrome Respiratorio y Reproductivo Porcino de las muestras procesadas variaron entre 11,5 y 34,34. Los genomas de la cepa de PRRSV se aislaron usando un método de cola poli (A) y se secuenciaron con un secuenciador MiSeq Illumina. Se obtuvieron 92 genomas de PRRSV de longitud completa a partir de 88 muestras clínicas de 132 muestras analizadas, lo que dio como resultado una tasa de éxito de la Secuenciación del Genoma Completo del 66,67%. de PRRSV

Se encontraron tres deleciones importantes en ORF1a en la mayoría de las cepas de tipo salvaje (es decir, no similares a vacunas). La importancia de estas deleciones permanece indeterminada. Se encontraron dos genomas de PRRSV de longitud completa diferentes en cuatro muestras diferentes (tres muestras de suero y un conjunto de tejidos), lo que sugiere una prevalencia de coinfección por cepas de PRRSV del 4,55% en cerdos.