El diagnóstico de las enfermedades porcinas se ha centrado tradicionalmente en la detección de agentes concretos. Sin embargo, los procesos respiratorios y entéricos pueden desarrollarse en un entorno microbiológico mucho más complejo, en el que la composición de las comunidades microbianas también puede variar en función del estado sanitario.
Un estudio reciente ha combinado el diagnóstico molecular de los principales patógenos respiratorios y entéricos con la caracterización de la microbiota en cerdos con signos clínicos procedentes de granjas comerciales de Corea del Sur.
Los investigadores analizaron muestras recogidas entre octubre de 2023 y diciembre de 2024:
La detección de patógenos se realizó mediante qPCR y RT-qPCR, mientras que la microbiota se caracterizó mediante secuenciación del gen 16S rRNA.
Los resultados mostraron que la frecuencia de detección de los agentes respiratorios dependía considerablemente de la matriz analizada.
Los autores señalan que esta mayor detección en fluido oral para la mayoría de los agentes respiratorios puede estar relacionada con las propias características de esta matriz.
Entre los patógenos entéricos, rotavirus fue el más frecuente, detectándose en el 43,0 % de las muestras fecales, seguido de Clostridium perfringens (30,4 %) y Escherichia coli patógena (25,3 %). No se identificaron asociaciones estadísticamente significativas de coocurrencia entre las parejas de patógenos analizadas.
La secuenciación del 16S rRNA permitió analizar finalmente la microbiota de 19 muestras pulmonares, 66 de fluido oral y 79 fecales.
Las muestras pulmonares mostraron una diversidad significativamente menor que las de fluido oral y heces. Además, la estructura de las comunidades microbianas difería significativamente entre los tres tipos de muestra.
En las heces predominaban Firmicutes y Bacteroidota, con una elevada representación de Prevotellaceae. A nivel de género destacaron Prevotella, Prevotellaceae_NK3B31_group y Alloprevotella.
El pulmón presentó una comunidad dominada por un número más reducido de taxones, principalmente Escherichia–Shigella (18,11 %), Actinobacillus (14,45 %) y Mycoplasma (7,05 %).
Los autores, no obstante, advierten que estos resultados deben interpretarse con cautela debido a la baja biomasa microbiana de las muestras pulmonares y a la posibilidad de contaminación técnica o ambiental, aspiración o transferencia desde otras localizaciones anatómicas.
Por su parte, el fluido oral mostró una distribución más equilibrada, con Prevotella (6,47 %), Moraxella (5,86 %) y Streptococcus (5,80 %) entre los géneros más abundantes.
Uno de los resultados más destacados apareció al relacionar la detección de patógenos con la composición de la microbiota.
De todos los agentes estudiados, C. perfringens mostró la asociación más consistente con diferencias en la diversidad y estructura de la comunidad bacteriana intestinal.
El análisis predictivo de las funciones microbianas también identificó diferencias entre ambos grupos.
En las muestras positivas para C. perfringens se predijo una mayor representación de determinadas rutas relacionadas, entre otras, con:
Los autores recalcan, sin embargo, que estos resultados proceden de predicciones basadas en la secuenciación 16S y que serán necesarios estudios multi-ómicos para esclarecer su significado funcional.
Aunque inicialmente se detectaron diferencias en la microbiota asociadas a otros agentes como PRRSV, PCV2, PCV3, P. multocida y rotavirus, su consistencia disminuyó al considerar estadísticamente el efecto de la granja.
Los autores destacan que el trabajo no permite establecer relaciones causales entre la presencia de un patógeno y las modificaciones observadas en la microbiota. Además, el estudio carecía de un grupo control de animales sanos y no disponía de información individual sobre variables como edad, sexo, dieta o gravedad de la enfermedad.
A pesar de estas limitaciones, el estudio aporta información obtenida directamente de animales clínicamente afectados en condiciones comerciales y muestra el interés de interpretar conjuntamente los resultados del diagnóstico molecular y la estructura de las comunidades microbianas.
| Esta aproximación integrada podría contribuir a comprender mejor el contexto microbiológico en el que se detectan determinados patógenos. Los resultados obtenidos con C. perfringens, en particular, abren la puerta a investigar si determinadas configuraciones de la microbiota intestinal pueden utilizarse en el futuro como referencia para caracterizar los cambios asociados a su presencia en el ganado porcino. |
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