Panel de SNPs para grasa intramuscular y ácidos grasos en cerdos ibéricos

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El perfil de la grasa intramuscular y de ácidos grasos determina importantes características sensoriales y tecnológicas de la carne, siendo rasgos interesantes a incluir en los programas de mejora genética del cerdo ibérico.

En un estudio previo, investigadores del INIA-CSIC analizaron el transcriptoma del longissimus dorsi de cerdos ibéricos con valores reproductivos divergentes para el perfil de grasa intramuscular, identificando 63 y 12 genes candidatos funcionales y ARN largos no codificantes (lncRNA) expresados diferencialmente.

En este nuevo estudio, se establecieron dos objetivos:

1. Utilizar los datos de RNA-seq generados en aquel estudio para diseñar un panel de baja densidad con 50 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP).

2. Evaluar la relación de este panel de SNPs con el contenido de grasa intramuscular y el perfil de ácidos grasos en el tocino dorsal en una población comercial de cerdos ibéricos.

Se determinó la grasa intramuscular y la composición de ácidos grasos de la grasa dorsal en 940 cerdos ibéricos, identificando un total de 837 SNPs entre la selección de genes y lncRNA.

De los 50 SNP seleccionados, 11 fueron monomórficos en la población y 2 fallaron en su genotipado. Finalmente, se realizó un análisis de asociación para los 37 SNP con expresión diferencial en la población (frecuencia alélica menor, MAF > 0,05).

Al evaluar los SNPs en relación a la grasa intramuscular, se observó un efecto aditivo significativo (valor q < 0,05) para el SNP ADIPOQ:g.124646194T>G, en el que el alelo G estaba ligado a un aumento del 7,59% (efecto aditivo expresado como porcentaje de la media del rasgo).

PERFIL DE ÁCIDOS GRASOS

En el caso del perfil de ácidos grasos del tocino dorsal, se observaron 24 SNPs con asociaciones significativas.

El alelo A de ambos SNPs se asoció a un menor porcentaje de ácidos grasos palmítico (C16:0) y palmitoleico (C16:1).

Estos resultados revelan que ADIPOQ:g.124646194T>G, ELOVL6:g.112186423A>G y FASN_rs331694510G>A pueden ser útiles en los programas de mejora genética del cerdo ibérico que incluyan el perfil de ácidos grasos y la composición de la grasa intramuscular como objetivos de selección, siempre que se controlen sus efectos potenciales sobre otros caracteres de interés.

Leer estudio completo: Patricia Palma-Granados, Juan María García-Casco, Carmen Caraballo, Pedro Vázquez-Ortego, Fernando Gómez-Carballar, Fernando Sánchez-Esquiliche, Cristina Óvilo, María Muñoz, Design of a low-density SNP panel for intramuscular fat content and fatty acid composition of backfat in free-range Iberian pigs, Journal of Animal Science, 2023;, skad079, https://doi.org/10.1093/jas/skad079

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